De belangrijkste verwekker van de (lobaire) pneumonie werd in 1881 tegelijkertijd geïsoleerd door Pasteur in Frankrijk en Sterberg in de Verenigde Staten. Beide wetenschappers gaven de bacterie verschillende namen, totdat eind tachtiger jaren van de negentiende eeuw de naam "Pneumokok" werd geïntroduceerd. Vervolgens werd de naam veranderd in "Diplococcus" vanwege zijn verschijning in een grampreparaat van sputum. In 1974 werd de naam opnieuw veranderd in "Streptococcus pneumoniae" op grond van morfologische kenmerken.

In het begin van de twintigste eeuw werd in een studie onder gezonde mijnwerkers in Afrika aangetoond dat vaccinatie met gedode pneumokokken tot een afname van het aantal pneumonieën leidde. Later bleek dat antilichamen gericht tegen kapselpolysachariden voor bescherming zorgen. Door de komst van antibiotica verbeterde de behandeling en verminderde de mortaliteit van pneumokokkenziekte.

Na de introductie van conjugaatvaccins die kinderen onder de twee jaar kunnen beschermen, ontstond discussie over de noodzaak om deze vaccins in het Rijksvaccinatieprogramma (RVP) op te nemen. Met ingang van 1 april 2006 is pneumokokkenvaccinatie in het RVP opgenomen. Inmiddels gaat de ontwikkeling van nieuwe vaccins door. De graad van bescherming tegen de verschillende serotypen pneumokokken hangt af van het type vaccin en varieert van 20 tot 77%.